1941 Nisanında Yugoslavya Naziler tarafından işgal edilince Saraybosna aşırı milliyetçi, antisemitik Ustaşa rejiminin yönetimi altındaki Hırvatistan Bağımsız Devleti ile birleşir. Böylece Müslüman, Katolik, Ortodoks ve Yahudi cemaatlerinin zengin tarihine ve